Naujojo muziejaus ekspozicinės temos:
Molotovo-Ribbentropo paktas (1939 m.) ir Lietuvos aneksija (1940 m.);
Sovietų teroras ir Lietuvos gyventojų trėmimai į sovietų lagerius ir Sibirą
Nacių okupacija 1941-1944 m.;
Lietuvos inteligentai Štuthofo koncentracijos stovykloje 1943 m.;
Lietuvos laisvės kovotojų sąjungos veikla lageriuose ir tėvynėje antrosios sovietinės okupacijos metais;
Romas Kalanta – Laisvės šauklys;
Lietuvos karininkai Norilsko lageriuose. Plačiau.